Nel 1346 il cronista fiorentino Matteo Villani così descriveva il constesto storico caratterizzato dalla diffusione della peste che si stava diffondendo in tutta Europa:<< Cominciossi nelle parti d’Oriente, nel detto anno [1346], in verso il Cattai e l’India superiore, e nelle altre provincie circustanti a quelle marine dell’oceano, una pestilenzia tra gli uomini d’ogni condizione di ciascuna età e sesso, che cominciavano a sputare sangue, e morivano chi di subito, chi in due o in tre dì… Questa pestilenzia si venne di tempo in tempo, e di gente in gente apprendendo, comprese e uccise infra il termine d’uno anno la terza parte del mondo che si chiama Asia. E nell’ultimo di questo tempo s’aggiunse alle nazioni del Mare Maggiore, e alle ripe del Mare Tirreno, nella Soria e Turchia, e in verso lo Egitto e la riviera del Mar Rosso, e dalla parte settentrionale la Rossia e la Grecia, e l’Erminia e l’altre conseguenti provincie>>. 

La peste nera fu una pandemia che si diffuse in tutta Europa dal 1346 al 1351, il focolaio della pademia era all’epoca sconosciuto, i medici supponevano che questa malattia sconosciuta arrivasse dall’Oriente. Oggi possiamo affermare che il vero focolaio fu presumibilmente nella regione del lago Bajkal in Asia centrale dove, durante gli scavi nelle catacombe cristiane gli archeologi hanno registrato, riferita agli anni trenta del XIV secolo, una mortalità eccezionalmente elevata. A mano a mano che la malattia si diffondeva da Oriente verso Occidente la sua carica di diffusione aumentava e lasciava una scia di morti. Si calcola che la peste uccise tra i venti e i venticinque milioni di persone in Europa mentre a Firenze, dove si trovava Boccaccio quando scrisse il Decameron, uccise quattro quinti degli abitanti. 

Possiamo immaginare il clima di desolazione e scompiglio dinanzi a un nemico sconosciuto, come lo era la peste per gli uomini del trecento. Anche i medici iniziano ad avere paura degli effetti della peste, molto spesso i medici fuggono; riferisce il cronista fiorentino Marchionne di Coppo Stefani: «Medici non se ne trovavano, perocché moriano come gli altri; e quelli che si trovavano, voleano smisurato prezzo in mano innanzi che intrassero nella casa, ed entratovi, tocavono il polso col viso volto adrieto, è da lungi volevono vedere l’urina con cose odorifere al naso.»

Le cause della peste sono state scoperte nel 1894 quando un gruppo di scienziati ha isolato il patogeno Yersinia pestis. Nel 1898 lo scienziato Paul Louis Simon spiegò che tale bacillo si poteva trasmettere attraverso il morso di pulci infette i cui visceri erano ostruiti causandone fame e un comportamento più aggressivo, in origine il bacillo della peste viveva e si diffondeva nei ratti. 

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